Cô Juri nhờ cảnh sát và ông Mori tới bảo vệ "viên đá định mệnh" trước lời thách thức của tên trộm Kid trong buổi công diễn cuối cùng vở "Joseshine". Conan đã cùng bác Mori, Ran và nhóm thám tử nhí tới nhà hát vũ trụ. Bất ngờ, Shinichi lại xuất hiện trước mặt Conan. Nhưng Conan không thể chứng minh hắn là giả mạo, nên cậu đã theo sát từng hành động của hắn. Đã thế hắn còn thản nhiên tiến tới gần Ran… khi vở diễn sắp kết thúc, Shinichi giả bắt đầu di chuyển.. thì ra hắn chính là tên siêu trộm Kid. Để ăn mừng việc bảo vệ thành công viên đá quý, nhóm Conan đã được mời tới biệt thự của cô Juri tại Hakodate! Sự xuất hiện của Kid ở nhà hát chỉ nhằm đánh lạc hướng mọi người. hắn sẽ thực sự hành động trong chuyến bay tới Hakodate. Nhưng bỗng nhiên Juri ngã gục do trúng thuốc độc, thảm họa đã xảy ra trong chuyến bay đó.

Bằng óc nhạy bén, Conan đã nhanh chóng tìm ra hung thủ ám sát cô Juri. Đó chính là người đi theo trang điểm cho Juri, cô Sakanatsuki. Conan định nhờ bác Mori phá án nhưng cậu lại bắn nhầm thuốc mê vào cô Eri ngồi bên cạnh. Nên lần này cô Eri được "trổ tài", hung thủ bị vạch mặt, nhưng chất độc mà Natsuki dùng, vô tình cơ trưởng và lái phụ cũng nhiễm phải, làm cho tính mạng của các hành khách bị đe dọa nghiêm trọng. Conan đã kịp thời khống chế sự rơi tự do của máy bay cùng với sự giúp đỡ của một người. Đó chính là quái nhân Kid. Một loạt sự cố đã liên tiếp xảy ra, buộc phải hạ cánh khẩn cấp, nhưng đường băng đã bị hỏng và sân bay bố cháy do máy bay bị điều khiển quá đà dẫn đến đâm vào trạm kiểm soát không lưu. Conan phải đưa ra một quyết định táo bạo, cho máy bay hạ xuống ở một bến cảng gần đó. Do trời quá tối, không thể nhìn thấy đường, Kid đã nhường ghế lái lại cho Ran, anh ta lao ra ngoài dụ cảnh sát tới để tạo đèn đường hạ cánh của máy bay bằng những chiếc đèn của xe cảnh sát và thế là con đường được thắp sáng. Để động viên Ran, Conan đã giả giọng Shinichi hướng dẫn cho Ran cách điều khiển, Ran cũng đã buột miệng thốt ra câu nói: Tớ yêu cậu, Shinichi! trong lúc Ran không thể kìm nén nổi nữa, Ran cùng Sonoko (được Conan nhường lại ghế phụ lái) đã may mắn điều khiển máy bay hạ cánh thành công, máy bay đã dừng lại trước khi lao xuống biển. Thật may mắn là không có tổn thất về người và sau khi xuống máy bay, Ran vẫn lầm tưởng rằng cô đã được Kid trợ giúp và yên tâm rằng bí mật của mình vẫn được giữ kín.